Sporazumom Teološkog fakulteta Matija Vlačić Ilirik te Sveučilišta u Zagrebu 2009. godine pokrenut je proces verifikacije studijskih programa preddiplomskog i diplomskog sveučilišnog studija Protestantska teologija. Sveučilište i Fakultet suglasili su se da zajednički sudjeluju u pokretanju i izvođenju tih studijskih progarama te da koordinator izvođenja bude Teološki fakultet Matija Vlačić Ilirik. Nakon dugotrajnog procesa koji je uključivao niz sastanaka i vijećanja različitih tijela Sveučilišta ovaj proces je završen u studenom 2010. godine kada je Senat Sveučilišta na svojoj sjednici donio konačnu Odluku o osnivanju i zvođenju ovog studijskog programa. Temeljem te Odluke od nove akademske godine 2011./2012. započet će izvođenje ovog programa na preddiplomskoj i diplomskoj razini. Nositelj studija je Sveučilište u Zagrebu, a izvodi se na Sveučilištu u Zagrebu i Teološkom fakultetu Matija Vlačić Ilirik. U dogovoru sa Sveučilištem u ožujku ove godine utvrđeni su kriteriji upisa i upisne kvote.
Preddiplomski sveučilišni studij Protestantska teologija traje tri godine. Završetkom preddiplomskog studija stječe se 180 ECTS bodova i akademski naziv baccalaureus (prvostupnik) teologije/ baccalaurea (prvostupnica) teologije. Prijave za upis u prvu godinu ovog studija već su počele a vrše se putem sustava NISpVU (Nacionalni informacijski sustav prijava na visoka učilišta). Detaljnije informacije o upisima mogu se pronaći i na internetskoj stranici fakulteta.
Uskoro će biti objavljen i natječaj za upise na diplomski sveučilišni studij Protestantska teologija. Diplomski studij traje dvije godine, a završetkom se stječe 120 ECTS bodova i akademski naziv magistar teologije /magistra teologije.